余学清教授是中山大学内科肾病学年轻的学科带头人，在认真做好医疗和科研工作的同时，非常重视教学工作，取得了显著成绩，尤其在内科学和肾脏病学的基础教学、基础医学和临床医学相互合作方面做了卓有成效的工作，提高了学生对基础理论课的学习兴趣和热情，学习的主动性显著提高。同时，结合自己临床工作的经验与教训，在课程教学与教材编写等方面取得了很好的成绩。他努力钻研教学业务，因材施教，以教书育人为己任，师德高尚，深受学生的爱戴。
    余学清教授在临床教学过程中，根据临床医学的特点，针对不同教学对象采用相应的教学方法。在本科生教学过程中，能够深入浅出、循序渐进，并利用丰富翔实的图片资料，帮助大学生们学习和理解疾病的发生发展过程和治疗原则，并根据疾病的特点和个人的经验，强调临床实践的重要性，教学效果良好。1995年亲自担任本科生临床见习教学组长，除每周讲授理论课10学时外，还组织其他带教老师认真准备每一节教学课程和临床病例讨论，让同学们能够真正做到理论与实践相结合，为将来临床实习打下坚实的基础，得到了全体同学的好评。此外，还与基础医学院生理学科密切协作，探讨早期临床学习对于提高本科生基础理论课学习兴趣及理解能力的研究，取得了显著成绩。作为国家医学继续教育委员会专家组成员，承担了中华肾脏病分会华南和西南地区的继续教育工作，每年定期到所在区域的省市讲学，得到了各地肾脏病学专家的好评。担任“卫生部肾科高级医师培训班”班主任以来，每周亲自讲授理论课程和教学查房，工作认真负责，严格要求。每年为全国各地培养5060名肾脏专科医生，学习结束后，这些人多数已成为当地的肾脏病学术骨干，推动了我国肾脏病学的发展。
    余学清教授长期从事内科肾脏病学教学医疗和科研工作，在国际上首次证实巨噬细胞化学性趋化因子和粘附分子骨调素在巨噬细胞介导的实验性新月体肾炎发病机制中起关键作用，并与肾脏纤维化的发生发展密切相关。系列研究成果获得2000年中国高校科学技术进步一等奖。主持或参加了省部级以上科研课题18项，包括国家自然科学基金、教育部跨世纪优秀人才基金、教育部骨干教师基金、广东省联合攻关项目，其中主持11项，科研总经费280多万元。科研论文72篇，其中国际杂志6篇，SCIIF值最高6.28。编写内科学和肾脏病学术专著9部，其中主编4部（血液净化与肾脏移植、实用全科医师手册，肾脏病今日治疗、内科医师会诊学)，参与了教育部7年制规划教材《内科学》的编写工作。获得各级科研成果奖5项，其中包括“中国高校科学技术进步一等奖”1项(2040年，第一负责人)、卫生部科技进步二等奖1项(1996年，第三)、卫生部科技进步三等奖1项(1996年，第四)、广东省科技进步三等奖1项(2004年，第一)、广东省医学科技进步一等奖1项(1999年，第一)。
    在多年教学与医疗实践的基础上，参与编写了11部内科学和肾脏病学教材和参考书，其中主编4部。其主要参与的“肾脏病诊断与治疗学”获卫生部科技进步二等奖。合编的著作“血液净化与肾移植”(人民卫生出版社)获广东省杰出科技专著出版基金资助。目前指导硕士生8名，博士生4名，博士后3名，主持省部级以上科研基金11项，获各级科研成果奖5项。1995年获广东省医学会“优秀中青年肾科医师奖”第一名；1996年获广东省“南粤优秀研究生”一等奖，广东省“五个一”医学科学工程肾科学术带头人；1998年荣获广东省“南粤教坛新秀奖”；2000年被评为“教育部跨世纪优秀人才”；2001年被评为广东省“千、百、十工程”省级学术带头人。